Megfelelő indexekkel jelentősen gyorsítható a nagy MySQL adatbázisok működése.
Nagy adatbázisok esetén a megfelelő MySQL indexelés alapvető fontosságú. Egy jól megválasztott index segítségével az adatbázisnak nem kell minden egyes rekordot végignéznie ahhoz, hogy megtalálja a keresett adatokat.
Az indexelés azonban nem merül ki abban, hogy minél több mezőre indexet készítünk. Meg kell vizsgálni, hogy az alkalmazás milyen WHERE, JOIN és ORDER BY feltételeket használ, milyen mezők alapján keresünk rendszeresen, és hogyan változnak az adatok.
Nagyobb táblák esetében az EXPLAIN segítségével ellenőrizhető, hogy a MySQL valóban használja-e a létrehozott indexeket. Egy rosszul megválasztott vagy felesleges index ugyanis nem feltétlenül gyorsítja az alkalmazást, sőt bizonyos esetekben az adatbázis módosításait lassíthatja.
A megfelelő indexstruktúra kialakításával egy milliós rekordmennyiséget kezelő adatbázis is gyorsan kiszolgálhatja az alkalmazást. Ehhez azonban az adatbázis szerkezetét és a tényleges lekérdezéseket együtt kell vizsgálni.


